三界庙是莫土司衙署建筑群的重要组成部分，建于明万历十年，以壮族药王冯三界的名字命名。据传，土医冯三界在民间救死扶伤，药到病除，深得老百姓的爱戴，壮族人民把他当作神来供奉。三界庙位于衙署东面，共占地3亩。庙宇坐南朝北，由五座建筑物构成，雕工精美。三界庙内供奉16尊佛像，香客云集，香火极为兴旺。